1877年（明治10年）6月17日に横浜に上陸したアメリカ人の動物学者・エドワード・S・モースが、6月19日に横浜から新橋へ向かう途中、大森駅を過ぎてから直ぐの崖に貝殻が積み重なっているのを列車の窓から発見し、政府の許可を得た上9月16日に発掘調査を行いました。助手ら3人とともに土器、骨器、獣骨を発見し、9月29日にも訪れ、10月9日から本格的な発掘を行いました。調査場所に２説あります。品川区：大森貝塚遺跡庭園付近説と、大田区：大森駅近くのNTTデータ大森山王ビル横の小道を線路側に入ったところ付近説です。両者は約３００メート離れています。後者は「大森貝虚」という立派な石碑が線路際に立っていますが、実際モースが貝塚を発見したのは品川区：大森貝塚遺跡庭園付近とのことです。
